当センターは、国の施策に基づき、多数の売買当事者に大量かつ品揃えされた部分肉の取引の場を提供するとともに、これらの売買当事者間の相対取引等により部分肉の適正な部位別卸売価格の形成と公表を行うことを目的として、1979年６月に設立され、1981年５月に川崎市東扇島に部分肉センターを開業しました。以来、1990年７月には大阪市南港に大型冷蔵庫施設を設置する等、当センターの物流機能を順次強化してきました。
　また、取引情報の公表については、1981年10月に首都圏で国産豚カット肉「上」の公表を開始して以来、1991年４月に近畿圏、1992年６月に中京圏での公表を開始する等、順次公表品目の追加・拡充に努めています。
　更に、牛部分肉のコマーシャル規格の策定、食肉のモデル的な共同加工、共同配送の推進等、食肉流通の改善・合理化のための事業を行っています。

昭和52年3月の畜産振興審議会における農林大臣に対する建議を受けて、食肉流通の主要な形態となっており、その後もその増大が見込まれる部分肉 について、多数の売買当事者に大量かつ品揃えされた部分肉の取引の場を提供するとともに、これらの売買当事者間の相対取引等により部分肉の適正な 部位別卸売価格の形成とその公表を行うことを目的をして、国及び畜産振興事業団（現　（独）農畜産業振興機構）の助成のもとに設立されました。